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工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手，被灌下“APTX4869”后导致身体缩小至7岁。由于当时情况特殊，所以暂时只能化名江户川柯南，并寄住在青梅竹马的女友毛利兰家中。在后续的剧情中，柯南的真实身份工藤新一也只有一些身份较为特殊的人才知道，大多数人并不清楚，甚至连毛利兰也不知道（总感觉毛利小五郎也知道，但就是没证据）。柯南在隐藏身份这件事上还是比较用心的，有好几次差点被毛利兰识破，但好在有怪盗基德出手相助，化险为夷。对于柯南要隐藏工藤新一的身份，这个原因还是有很多的。
黑衣组织的安全威胁
工藤新一是因为跟踪黑衣组织，并发现了一些黑衣组织的交易才被变小的，在当时，工藤新一的名气在日本还是非常大的，被称为“日本警员的救世主”和“平成的福尔摩斯”，工藤在推理案件的时候旁边还站着黑衣人。工藤被打晕后，黑衣人一眼就认出了工藤新一，而且当时就想开枪打死工藤，可见工藤新一的名气是有多大。一味顾忌警察的原因，没有开枪，给工藤吃了毒药，结果工藤却缩小了，并没有死。所以，如果让黑衣人知道工藤没死还变成了柯南，那么，黑衣人一定会来杀工藤新一，以工藤当时的境况，根本无法对抗黑衣组织，而且黑衣人残忍无比，就算工藤自己可以脱身，但是他身边的人必然会受到牵连，所以于己于人，柯南都不能暴露自己的身份。
柯南的身份更为好用
柯南是个一年级的小朋友，毛利兰第一次看见他的时候就特别喜欢，又因为柯南谎报与工藤的关系，所以柯南就顺理成章的住进了毛利兰家。毛利小五郎也是个侦探，所以跟案子的接触比较频繁，而且毛利小五郎靠着柯南和他自己以前打下的名气，经常被邀请参加一些酒会等高档场合，柯南也就有足够的理由跟着毛利兰一起去，这样就能查到很多关于黑衣组织的事情，还能顺手解决一些比较难缠的案子。如果柯南暴露了自己的身份，那么就很难找到借口在毛利家住着了，这样也就错失了很多的机会。
对于毛利兰无法解释
在工藤变小后，见到毛利兰的第一反应是先隐瞒过去，等到机会成熟之后再向兰解释清楚，但这个“机会”，柯南一直没等到，反而在变小的这段时间里，在兰家里和兰发生了一些不可描述的事情，如果兰知道柯南是工藤的话，那画面可不敢随便想的。而且就算和毛利兰解释清楚了，那毛利兰之后应该如何对待柯南？毕竟在兰的眼里，工藤此时是一个一年级的小孩子，虽然喜欢工藤，但这样的工藤，兰完全没办法像以前一样去爱了。
