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火影作为一个跨度时间长，篇幅一眼望不到镜头的动漫作品，随着时间推移，故事布局不断调整，作者状态也起伏不定，难免在故事上和设定上难免会出现一些微妙的漏洞。一开始的时候本来没就想过描述一个宏大的忍者世界，按照岸本自己的说服法，原本想画的是一个以拉面为主的美食系漫画，结果却被退稿了。既然如此，那就加上点特色进去，于是强行拉伸世界观就造成了非常多的漏洞。
平民出身的小李算是少有几个，没有透露过父母姓谁名谁的存在。早期还曾有过“凯是小李父亲”的说法，毕竟两个人无论是性格还是长相都是惊人的相似。虽然这算是为小李普通人身份所做的设定，但没想到的是，直到火影完结，还真让小李直接造出来了一个儿子。等等，小李和谁结婚了？为什么会有个儿子，难道说这是小李的自我复制吗？根本不需要结婚的那种。
佐助自始至终都不知道面具男其实是宇智波带土。要怪也怪佐助掉线时间太久，在他换眼的空档，发生了多少事情。上线便遇上了宇智波鼬，合力将兜打败，再跟大蛇丸去复活了火影，等他到了主战场时，所谓的面具男早就变成了宇智波带土。真要讨论宇智波斑身边站着的是谁的话，估计鸣人还要费一番口舌，所以说关于这两者之间的关系，佐助还有忍者联军的其他人估计也只能靠推理了。
大和的名字由纲手确定，然而三代火影为什么知道。大和的第一次登场，是在纲手指定他代替卡卡西的时候，原本是暗部无名无姓的一员，褪去掉面具之后，才正式命名为“大和”。在这之后，一直以配角的身份当好“大和队长”，第四次忍界大战期间，被兜带走，后来又处于被白绝阿飞控制的状态，结果被三代火影见到，直接喊出他的名字，大和。还别说这个漏洞又被填上了，沿用的正是天藏、根组织等设定。
宇智波斑一开始是宇智波一族的创始者，这么一说，多有地位，光听就一股强者的气息扑面而来，到后来才发现仅仅是宇智波一族中历代族长之一。自来也潜入雨隐村时，在与蛤蟆寅的谈话中，提到过宇智波斑，给宇智波斑的标签就是“宇智波一族的创始人”。但随着剧情的完善，宇智波家族的历史要比想象中长了许多，而宇智波斑也并非宇智波家族的创始人，真要说起来，只能算是“木叶村宇智波家族”创始人。
拥有写轮眼的宇智波家族，竟然被千手一族压着打。宇智波家族每一位成员都有很大的可能性开启写轮眼，尤其是在战乱的年代，开眼的几率跟大一些。写轮眼究竟有多么强大，自然不必多少，简直是人人都梦寐以求的神器。反观千手家族一方，并没有太过于特殊的血迹限界，只有千手柱间掌握木遁和传说中的“仙人体”。那问题来了，只有个别几人较为特殊的家族，在此之前是如何与宇智波家族斗得旗鼓相当的呢？
作为当时号称忍界最快的忍者，千手扉间的逝去竟然如此的不可思议。要知道，千手扉间发明的忍术，都是足以成为别人绝技的忍术，如鸣人的多重影分身之术、波风水门的飞雷神之术、大蛇丸的秽土转生，这么多忍术皆是千手扉间发明的。二代火影明明实力那么强为什么被金银角打败了呢？显然剧情十分不合理，如果当时二代火影使用以上那些忍术的话，绝对能够活下来。
跨度时间如此之长的动漫，剧情和设定上也是不断扩张，才有了这么多难以填补的漏洞。在周刊连载的高强度下，出现一些剧情上的瑕疵或漫画技法上的疏漏都是情有可原，毕竟在此期间，不管是剧情设定还是作者的创作心态在整个期间都发生了翻天覆地的变化。
