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在《名侦探柯南》的故事中，江户川柯南虽然是动漫主角，当之无愧的男一号，但是他的侦探地位却是越来越低的趋势，并非是因为他的推理能力下降了，而是动漫中聪明睿智的人越来越多了，后期登场的人物基本上随便拉出来都能当侦探了，一个案件经常能够出现不止一个人想出来的情况，这样柯南的侦探头脑就没有那么稀奇了。
柯南的侦探头脑虽然无法在故事中拔尖了，但是目前他还有一项能力没有被人取代，那就是他的战略思维，可以说红方和黑方的几轮对决柯南都是那个总指挥，这才是他的才华所在。
满月篇
“满月篇”是非常精彩的一轮对决，柯南和贝尔摩德斗智斗勇，他安排了平次假装成自己的样子去参与幽灵船推理，而自己和灰原哀进行对调，然后坐茱蒂的车，他要利用自己的能力抓住“苦艾酒”，假如不是小哀的突然登场，柯南的战略还是成功的。这一轮对决柯南成为了小小的指挥者，指挥了平次和小哀，这一段却只是一个开始。
红黑篇
柯南到了“红黑篇”就已经坐稳了指挥的位置了，他在知道水无玲奈的身份之后就指挥了水无继续回去当卧底，随后又让赤井秀一假死变成冲矢昴留在他的身边保护灰原哀，柯南的这一些决策可以说把黑方完全的忽悠了，柯南让赤井秀一假死的事情连其他FBI成员都不知道，柯南俨然成为了红方的指挥了。
绯色篇
柯南在“红黑篇”时就已经把指挥搞得炉火纯青了，安室透的智商并不低，他很快就看出了所谓的冲矢昴就是秀一，柯南在了解了这一切之后就进行了一阵人员的调配，他让自己的妈妈假装成自己的父亲，让父亲优作化妆成为冲矢昴躲过了安室透的盘查，透如此聪明的一个人要是比推理未必不如柯南但是还是被柯南给耍了，柯南的谋略是很出色的。
所以我们可以看到柯南强大的地方并未是推理能力，而是这种调兵遣将的谋略，他可以一次次的戏耍对手。
