《X战警：黑凤凰》的故事发生在该系列的“新宇宙”，承接于“天启”之后。主题上并未偏离该系列的核心意义，依旧是围绕变种人与自身、变种人与普通人、变种人与外来者等层面，由小及大、由内至外展开对身份、力量的定位与认同。
“凤凰女”琴.格蕾作为欧米伽级变种人，生来具有强大的力量，但她并不懂得如何操控管束。8岁时的某一天，琴的力量再次失控，致使母亲驾驶的汽车与对面车辆相撞，“父母双亡”的琴被查尔斯教授收养，住进了变种人学校。
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为了帮助琴暂时控制其体内的力量，查尔斯教授在琴的精神世界构筑了“精神护盾”，压制掩盖了她过往的伤痛。
在查尔斯教授为部分变种人建造的“桃源”中，琴成长、恋爱，与伙伴们并肩作战。但某次与魔形女、镭射眼、蓝魔鬼等队友在太空执行救援任务时，一股被他们认为是“太阳耀斑”的力量进入了琴体内。
这种力量让琴变得更强的同时，也逐渐超出了她能控制的范畴，并打破了查尔斯教授为她设置的“精神护盾”。
通过心灵感应力，琴发现父亲原来还在世。当她找到世间唯一的至亲时，却发现自己早已经被遗弃。
第一重是变种人与普通人的关系，查尔斯是通过展现变种人的正面力量，从而去赢得社会认可。魔形女瑞雯觉得他过于放低身段、让变种人冒险的做法，并不是真的在为变种人群体争取权益，两个人由此发生冲突。
无法接受、控制自身力量，其实便是琴对于自身的不认同。或许与父亲一样，她其实也恨着那个造成悲剧的自己。
星球大战中，达斯.维达因为恐惧而被黑暗趁虚而入，从最有天赋的绝地武士，成为杀戮、暗黑的象征。
琴也是如此。
童年悲剧、被亲人遗弃、伤害瑞雯、攻击军警，在恐惧中，她向着最不愿意成为的那个自己越靠越近。
第三重是男女之间。近年来，女性权益在影视剧中得到展现的机会逐渐增多。迪士尼童话中的公主们不再以爱情为主，其他题材影片中女性也常常左右影响大局。
《X战警：黑凤凰》不仅以“凤凰女”为主，开篇的太空救援也是由魔形女指挥。瑞雯与查尔斯争吵时，更直接斥责说“再这样以后应该改名叫X女警”。
由“劳模姐”扮演的“沃克”所主导的，就是新的敌对力量。作为本片的反派BOSS，沃克代表的是力量追逐者，张扬、邪恶，相对来说，她更像是“黑凤凰”！
《X战警：黑凤凰》中，虽然琴.格蕾的成长线基本完整，但情感共鸣仍旧欠缺。前面的惶恐、摇摆、痛苦不讨喜，结局时的自我认同及爆发又缺乏过渡，显得生硬突兀而潦草。
作为“X战警”的正反首脑，“X教授”查尔斯和“万磁王”艾瑞克，同样失去了以往作品中累积的人物魅力。就像有网友抱怨查尔斯变“圣母”，艾瑞克成莽汉，领导者的智慧、气场都被削弱太多。
此外，快银、暴风女、镭射眼和蓝魔鬼等重要配角，片中也缺乏亮点高光时刻。人物的坍塌，成为本片被诟病最多的地方。
若再加上台词平庸、节奏拖沓、动作场面不够燃，《X战警：黑凤凰》引发观众不满，自然也就在情理之中。
