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电影开场画面是已经变得残破的纽约市，蜘蛛侠正被一种人形雷电追逐，此人就是杰米·福克斯版本的电光人，他追到的蜘蛛侠，然后蜘蛛侠摘下了他的面具，我们看到，他实际上就是托比·马奎尔，电光人攻击蜘蛛侠之时，他们周围的空间突然被撕碎。可以判断，这是一个多元宇宙，托比版蜘蛛侠和电光人都在这里，有点不可思议。
彼得带着梅姨以及好友内德和MJ来到纽约圣殿，他们遇到了王法师，奇异博士正在忙于分析现实世界中的几处空间裂缝，这些裂缝是因为旺达所开启的，并且数量在不断增加。彼得很天真，他想要奇异博士使用一个咒语来扭转自己身份被泄露的事实。奇异博士为梅姨提供了庇护所，并告诉彼得应该像其他人一样在法庭上解决他的问题。
在城市的另一个地方，空间破裂，出现了一个造型完全不同的电光人。
曾经的复仇者大厦现在属于诺曼·奥斯本的奥氏集团，他们正在进行着几个项目，包括宇宙魔方碎片以及皮姆粒子的研究，角色修补匠菲尼亚斯·梅森是项目的主要负责人。
蝎子被秃鹫带到了他的修理厂，他们是在监狱结识的，秃鹫为蝎子提供了帮助，为他打造了一件外骨骼装备，章鱼博士也在随后出现。
此时，诺曼·奥斯本已经完成了量子隧道，他连接了其他宇宙，结果另一个诺曼·奥斯本很快就进来了，并杀死取代了他。威廉·达福版奥斯本享受着这完美的一切，他要征服这个世界。
结尾的一个场景中，诺曼·奥斯本的尸体被蜥蜴人康纳斯博士复活了。
