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布鲁斯从阿卡姆疯人院中惊醒，发现自己被绑在病床上，眼前的主治医生正是印象中的小丑。前来看望布鲁斯的阿尔弗雷德告诉他，布鲁斯在犯罪巷中杀了自己的父母，而蝙蝠侠身份是他在阿卡姆疯人院期间自己创造出来的幻想。针对布鲁斯的问题阿尔弗雷德也都一一能够回答，一切似乎被塑造的如此完美。但作为世界上最伟大侦探的他依然不会相信其他人，布鲁斯一路冲上阿卡姆疯人院的顶层，而阿尔弗雷德等人已经在那等候多时。在阿尔弗雷德与布鲁斯的谈话时，布鲁斯看清了阿尔弗雷德苍老的面孔，得知这是他创造出来的幻象，是阿尔弗雷德希望他能够拥有自己的生活而创造出来的程序。但布鲁斯依然是蝙蝠侠，有重大的责任与使命，在与阿尔弗雷德的告别后，一切又重归于黑暗。
布鲁斯从沙漠中爬出地面，发现身旁的吊灯中挂着依然有生命的小丑的头颅，为了弄清楚世界发生了什么，布鲁斯带着小丑踏上旅程。世界大变，绿灯军团不再，Oa星球变为死寂漂浮在海滨城上空，能量电池坠毁。神奇女侠戴安娜带领着一群亚马逊人保护剩余的平民，将他们送往冥界避难。魔法已死，曾经的“复仇之灵”幽灵只剩被遗弃在原野中的一副躯壳，成为人间与地狱的入口。极速者被化作神速力风暴，摧毁所到之处的每一寸生命。超人已死，而置之死地的莱克斯卢瑟拼命想要重新制造出超人。与此同时，一个自称“欧米伽”并穿着蝙蝠装的人正由哥谭一步步统治世界。
布鲁斯也证实了自己是初代布鲁斯韦恩的造物，在民众被莱克斯卢瑟的言论洗脑后，初代蝙蝠侠为他们打开了正义大厅的大门，才由此引发了这场危机，而最初的英雄们包括蝙蝠侠已经在危机中丧生。布鲁斯为了将世界重新带回光明，他回到了哥谭，并试图摧毁“欧米伽”的阴谋。而在于哥谭“欧米伽”卫军的战斗中，布鲁斯与黛安娜遇到了迪克·格雷森带领的猫头鹰法庭，并来到他们藏匿的被改为“猫头鹰洞”的蝙蝠洞。为了推翻“欧米伽”的统治，众人兵分两路，一边潜入“欧米伽”的大本营，一面阻止对于全世界的精神控制装置。
蝙蝠侠与穿上罗宾战甲的小丑进入了“欧米伽”的总部，却发现其中的布局与蝙蝠洞一样。而在情理之中地，两人中计被绑。“欧米伽”将布鲁斯架上改造后的“莫比乌斯之椅”，想要重新修改他的记忆使其继承统治，“欧米伽”最后也露出了自己的真面目——真正的布鲁斯韦恩。在初代蝙蝠侠认识到自己父母的所作所为，父亲买通隐瞒自己害死一个孩子的事实而孩子的父亲为了复仇在犯罪巷中杀害了韦恩夫妇，意识到自己父母的形象都是谎言后的他也无疑会黑化。初代布鲁斯从正义大厅的混乱中花费数年恢复，并利用精神控制统治着哥谭。
在布鲁斯韦恩进行着自己的大计时，蝙蝠侠拿出了阿尔弗雷德之前留给他的便士并摆脱了控制。在屋顶，蝙蝠侠与布鲁斯韦恩展开了最终的决战。虽然在最初反抗军处于劣势，蝙蝠侠身负重伤。但正义最终还是扭转了局面，布鲁斯韦恩被蝙蝠侠刺穿胸膛，戴安娜阻止了被控制的火星猎人将信号传输至世界，“欧米伽”的统治终于被推翻。欢庆胜利之际，蝙蝠侠利用莱克斯卢瑟的技术，新的超人也再次降落地球，世界由此翻开崭新的篇章。
